一直到公元前五六千年的新石器时代，随着农耕文化的出现，人类对荷花开始了进一步的了解。当时的人类为了生活上对水的需求，一般都定居在河岸湖畔或有天然泉水的沼泽地带，而这些地带恰是野生荷花主要的分布区域。从出土文物看：在河南省郑州市北部大河村发掘的“ 仰韶文化”房基遗址，发现室内台面上有炭化粮食和两粒莲子，经测定，距今有五千年的历史。人类在不断的生产劳动中，对朝夕相处的荷花的生长习性、生存环境等积累了丰富的感性认识，为中国古老的荷花文化的产生发展奠定的良好的基础。

古植物学家徐仁教授，曾于20世纪70年代在柴达木盆地发现荷叶化石，历史至少有1000万年。1973年在浙江余姚县距今7000年前的“河姆渡文化”遗址出土的文物中，发现有荷花的花粉化石；同年又在河南郑州市距今5000多年前的“仰韶文化”遗址中发现两粒炭化莲子。西周初期（公元前Ⅱ世纪），古人食用蔬菜约40余种，藕是其中之一。《峪经》中有“腮有荷华”之句，意指中国大地上凡有沼泽水域的地方，都生长着荷花。中国是世界上栽培莲花最多的国家之一。

自公元前11世纪起，中国从漫长的奴隶制社会进入了封建制时代——西周。荷花也在这时期里从湖畔沼泽的野生状态走进了人们的田间池塘。《周书》载有“薮泽已竭，既莲掘藕。”可见，当时的野生荷花已经开始作为食用蔬菜了。到了春秋时期，人们将荷花各部分器官分别定了专名。中国最早的字典，汉初时的《尔雅》就记有：“荷，芙蕖，其茎茄，其叶，其本密，其画菡，其实莲，其根藕，其中菂，菂中薏。”对荷花的了解已有一定的概念。

荷花以它的实用性走进了人们的劳动和生活，同时，也凭借它艳丽的色彩，幽雅的风姿深入到人们的精神世界。中国最早的诗歌集《诗经》中就有关于荷花的描述“山有扶苏，隰与荷花”，“彼泽之陂，有蒲有荷”。荷花作为观赏植物引种至园池栽植，最早是在公元前473年，吴王夫差在他的离宫（即苏州灵岩山）为宠妃西施赏荷而修筑的“玩花池”。春秋时期青铜工艺珍品“莲鹤方壶”（通高118厘米，故宫博物院馆藏）则从美术方面，反映了荷花对时代精神所起的重要作用，这件工艺珍品取材于真实的自然界，荷花花纹概括形象，龙和螭跃跃欲动。可见，荷花被神化的龙、螭及仙鹤一样，成为人们心目中崇高圣洁的象征。

秦汉之前，诸侯割据，战争频繁，劳动人民处于水深火热之中，秦始皇于公元前221年统一中国，结束了混战局面。在这个统一大帝国里，荷花文化得到了全面发展，逐步渗透到农业、经济、医学、宗教、艺术等各个领域。

汉朝是中国农业空前发展的一个时期，也是对荷花的栽培发展发生了重要的作用。汉以前，中国的荷花品种均是单瓣型的红莲。到了魏晋，出现了重瓣荷花。